目的：脑脊液（CSF）宏基因组二代测序（mNGS）作为一种高效病原体检测技术，能够顺利获得单次检测实现多种病原体的同步识别，对中枢神经系统感染（CNSi）的病原学诊断具有重要临床价值。然而，现在关于该技术在市级医院临床应用仍较为有限。

方法：回顾性分析2019年7月至2023年4月新乡市中心医院收治的52例疑似CNSi患者。顺利获得与最终临床诊断比较，评估CSF mNGS、常规微生物学检测（CMT）及两者联合的诊断效能。

结果：52例疑似CNSi患者中，35例确诊为CNSi。与最终诊断相比，CSF CMT、CSF mNGS及两者联合诊断CNSi的曲线下面积（AUC）分别为0.56（95% CI 0.40-0.72）、0.74（95% CI 0.61-0.84）和0.76（95% CI 0.63-0.88）；敏感性分别为11.43%（95% CI 4.54%-25.95%）、48.57%（95% CI 32.99%-64.43%）和51.43%（95% CI 35.57%-67.01%）；准确性分别为40.38%（95% CI 27.01%-54.90%）、65.38%（95% CI 50.91%-78.03%）和67.31%（95% CI 52.89%-79.67%）。根据CSF mNGS结果，7例患者延续初始抗生素治疗，2例调整为抗生素升阶梯治疗，1例调整为抗生素降阶梯治疗。CSF生化指标分析显示，当腺苷脱氨酶（ADA）水平＞1.75 U/L、蛋白质浓度＞75.44 U/L或压力＞185 mmH₂O时，mNGS检测阳性率显著提高（均P ＜0.05）。

结论：CSF mNGS诊断CNSi效能优于CMT，两者联合应用可显著提高病原体检出率，为临床精准抗感染治疗给予重要依据。此外，CSF ADA、蛋白和压力可作为实施mNGS检测的重要参考。