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严重烧伤休克期患者的机体反应及相关关键基因的确定：基于 GEO 数据库的生物信息学分析

 

Authors Fang X, Duan SF, Gong YZ, Wang F, Chen XL

Received 18 September 2020

Accepted for publication 13 November 2020

Published 1 December 2020 Volume 2020:13 Pages 1029—1041

DOI http://doi.org/10.2147/JIR.S282722

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Editor who approved publication: Professor Ning Quan

背景：严重烧伤患者在烧伤休克期持续有较高的死亡率，而且患者在严重烧伤休克时产生的机体反应的具体分子机制仍然不清楚。本研究的目的是确定烧伤患者在严重休克期的机体反应及与之相关的关键基因。
方法：数据集 GSE77791 来源于既往探索氢化可的松影响严重烧伤休克患者的炎性反应的研究，从 GEO 数据库下载该数据集并进行差异基因分析。随后针对得到的差异基因进行 GO 功能分析和 KEGG 信号通路富集分析。将差异基因导入 STRING 数据库构建蛋白质互作网络并在 Cytoscape 软件中可视化。利用 Cytoscape 软件中的 MCODE 插件挑选差异基因聚集成簇的模块，cytoHubba 插件用来确定关键基因。
结果：从数据集 GSE77791 中共分析出 1059 个差异基因（508 个下调基因和 551 个上调基因），这些差异基因所富集的 GO 功能条目和 KEGG 信号通路主要与免疫反应相关。构建的蛋白质互作网络中共包含 439 个节点和 2430 个蛋白关系对，同时也确定了差异基因聚集成簇的重要模块和关键基因。本研究中确定的关键基因是 ARG1 、CKAP4 、C3AR1 、ELANE 、GGH 、ORM1 、QSOX1 。
结论：本研究中的差异基因、GO 功能和 KEGG 通路富集分析结果以及关键基因明确了严重烧伤休克期患者的机体反应，有助于揭示其潜在的分子机制，为烧伤休克的早期诊断和治疗给予了一个新的研究方向。
关键字：烧伤休克；机体反应；免疫反应；生物信息学分析




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